Официальное описание второго сезона сообщает: Джей Ди, Тёрк и Эллиот прошли путь от интернов до звёзд «Святого Сердца». Теперь эти уважаемые врачи вдохновляют новое поколение, справляясь с взлётами и падениями в больничной работе. Вместе со старыми и новыми персонажами они вступают в новую главу, где есть место смеху, душевности и неожиданным поворотам.
Ожидается, что «Клиника» продолжит исследовать отношения между ветеранами и интернами в больнице Святого Сердца. В финале первого сезона у доктора Кокса диагностировали аутоиммунное заболевание. Пока неизвестно, куда приведёт его история болезни во втором сезоне.
В первой серии Джей Ди просит Тёрка и Эллиот помочь с уходом за доктором Коксом. А Эллиот неожиданно обретает уверенность в себе, которой ей не хватало все эти годы.